Алексей Лопатин был осужден вместе со своим руководителем в 2016 году по наделавшему шуму на всю страну делу о коррупции. Тогда суд признал Лопатина виновным в пособничестве в получении взятки в размере 18 миллионов рублей и назначил ему наказание в виде лишения свободы сроком на 7 лет. Алексей Лопатин отбывал наказание в исправительной колонии №2 в Рыбинске. Там же отбывает свой срок – 12.5 лет колонии строгого режима - его бывший начальник.
В конце ноября Рыбинский городской суд вынес постановление об условно-досрочном освобождении от отбывания наказания Алексея Лопатина, который за годы в колонии, как сообщалось на судебном заседании, «работал, учился, женился».